Kantor Kesehatan Pelabuhan Kelas II Tarakan sebagai salah satu Unit Pelaksana Teknis yang berada di bawah Kementerian Kesehatan RI yang bertanggungjawab pada Ditjen P2P yang ikut serta berperan dalam upaya cegah tangkal penyakit karantina dan penyakit menular, potensial wabah melalui pelabuhan udara dan laut. Aktifitas pelabuhan yang padat tersebut berpotensi terjadinya penyebaran penyakit.
Berdasarkan Permenkes Nomor 77 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Kesehatan Pelabuhan, KKP Kelas II Tarakan telah melaksanakan tugas dan fungsinya untuk menghadapi berbagai permasalahan kesehatan di wilayah pelabuhan laut dan udara Tarakan. Tugas dan fungsi tersebut adalah melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah, surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kesehatan lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan dan lintas batas darat negara.
